Glaubt man der Legende, so wurde im Gebiet der heutigen Rioja bereits zur Zeit der Römer Weinbau betrieben. Ausgrabungen in der Rioja Alavesa zumindest deuten darauf hin, dass es dort bereits damals Weinbau gab. Nachweislich lassen sich die Anfänge des Weinbaus in der Rioja bis ins 11. Jh. datieren.

Nach der Befreiung Spaniens von der Herrschaft der Mauren liessen sich in der Rioja Zisterzienser-Mönche nieder, die die ersten Rebstöcke pflanzten. Dabei profitierte der junge Weinbau vom steten Erfahrungsaustausch der Mönche mit dem französischen Burgund, wo der Weinbau schon zu jener Zeit eine lange Tradition hatte.

Nachdem die Klöster den Weinbau zu einer ersten Blüte gebracht hatten, stieg Anfang des 16. Jh. die Zahl der Bauern, die ihre Betriebe vom Ackerbau auf Weinbau umstellten. Offensichtlich wandelte sich damals auch der Weingeschmack. Das blieb nicht ohne Folgen für die Qualität des Weines.

Die Zeit der großen Klosterweine war vorbei. Der gesteigerten Nachfrage wurde in erster Linie mit Weinen der Rebsorte Mazuelo entsprochen, die hohe Erträge bei geringem Alkoholgehalt brachte.

Im 17. und 18. Jh. entwickelte sich eine Vorliebe für den Clarete, eine damals beliebte und spezifische Mischung zwischen Rot- und Weißwein. Die Spezialität des Clarete wird auch heute noch in der Region produziert.

Eine entscheidende Wende für die Bedeutung des Rioja-Weins im internationalen Handel brachte schließlich das Jahr 1780, als Manuel Quintano eine in Bordeaux entwickelte Ausbautechnik einführte und als erster benutzte.

Damit wurden mittelalterliche Behandlungsmittel wie Harz, Fisch oder Branntwein überflüssig. Die Extraktionszeit, während der die Farbe aus den Schalen in den Most wandert, wurde verkürzt und die Klärung des Weines wurde erstmalig mit dem Eiweiß von Hühnereiern durchgeführt.

Jahre später war es der Marques Luciano de Murrieta, der mit Unterstützung des Duque de la Victoria die von Quintano eingeführte Technik weiterentwickelte. Der Duque de la Victoria stellte ihm seine Kellerei und seine Weinberge zum Experimentieren zur Verfügung.

Schließlich kauften sie eine neue Finca, auf der sie eine Kellerei errichteten. Dort begannen sie auch, die Cabernet-Traube einzuführen und wurden damit zum historischen Vorläufer einer aktuellen Entwicklung: Auch heute experimentiert man in der Rioja wieder verstärkt mit der Cabernet-Traube.

Gegen Ende des 19. Jh. brach ein goldenes Zeitalter für den spanischen Weinbau an, von dem auch die Rioja profitierte.

In Frankreich vernichtete die Reblaus den Weinbau, was zu einem drastischen Anstieg der Nachfrage an spanischen Weinen führte. Weinhändler aus allen Ländern interessierten sich für die Weine aus der Rioja.

Weinbauern und Kellermeister aus Bordeaux ließen sich in der Rioja nieder und brachten ihre Erfahrungen und Kenntnisse mit. Die Rioja wurde an das Eisenbahnnetz angeschlossen, und es entstanden Weinkellereien im Bordeaux-Stil. In der Rioja bildeten sich in jener Zeit viele große Weingüter, die heute noch als Markenzeichen für den Weinbau der Region stehen.

Zur Jahrhundertwende suchte die Reblaus auch Spanien und Rioja heim. Das Interesse an einem gesicherten Minimalertrag stand in jener Zeit im Vordergrund.

Nachdem die Plage überwunden war, passten die Weingüter ihre Weinberge und die Weinproduktion während der letzten Jahrzehnte den neuesten Erkenntnissen an. Gleichzeitig gehörte die Rioja in der ersten Hälfte des zwanzigsten Jahrhunderts zu den Vorreitern in der Entwicklung einer modernen Weingesetzgebung, Qualitätskontrolle und Qualitätssicherung.

Im Jahre 1926 wurde der erste "Consejo Regulador" (Kontrollausschuss) gegründet, und 1945 erhielt Rioja als eines der ersten Anbaugebiete Spaniens die offizielle Anerkennung als Denominación de Origen (geschütztes Anbaugebiet).

Die letzten Jahrzehnte waren geprägt von einem steilen wirtschaftlichen und technischen Aufschwung der Weinbranche. Neben der Pflege traditioneller Methoden der Weinbereitung hielt in den Betrieben modernste Kellertechnik Einzug.

Viele neue, modern arbeitende Bodegas wurden gegründet, viele bestehende Betriebe wurden rigoros modernisiert. Das Resultat lässt sich sehen. Heute gehört Rioja zu den fortschrittlichsten Weinbaugebieten der Welt.

Die große Bedeutung der Rioja als Weinanbaugebiet zeigt sich auch daran, dass die geschützte Herkunftsbezeichnung (Denominación de Origen) der Region im Jahr 1991 mit der Auszeichnung "Acalificada" aufgewertet wurde.

Seither ist die Rioja Denominación de origen calificada (D.O.C.). Um diese Auszeichnung zu erhalten, muss ein Gebiet einer Reihe besonderer Qualitätsanforderungen gerecht werden, die die Rioja derzeit als einzige spanische Region erfüllt.